Прекрасная кормежка, толпы зрителей, удобные вольеры – что еще нужно животным Нью-Йоркского зоопарка? Свобода! Мечтающий о дивной природе, настоящем пении птиц, запахе цветов и свежем ветре зебра Марти по научению пингвинов совершает попытку побега. Он направляется на центральный вокзал города, где и оказывается настигнут взволнованными друзьями: львом Алексом, бегемотихой Глорией и жирафом Мелманом.

Удача поворачивается к ним лицом: борцы за права животных добиваются освобождения главных героев. Марти обнаруживает себя запертым в ящике на корабле. Группа сумасбродных пингвинов, также ищущая путь на родину, захватывает управление судном. В результате звери оказываются на диком острове Мадагаскар, где их ждет встреча с негостеприимной природой и ее обитателями, нелегкие поиски пищи, а также проверка на прочность.